کمیته حقوق بشر سازمان ملل، در گزارشی در مورد وضعیت حقوق بشر در ایران، از ادامه جدی نقض حقوق بشر توسط حکومت، و گزارش‌های متعدد در این مورد، از جمله سرکوب معترضان، آزار و تبعیض علیه اقلیت‌های دینی و مذهبی، شکنجه مدافعان حقوق بشر و نقض حقوق زنان ابراز نگرانی شدید کرد.

این گزارش که در ۱۲ آبان ماه ۱۴۰۲ در ۱۳ صفحه منتشر شد. نتیجه نهایی بررسی چهارمین گزارش دوره‌ای در مورد ایران بر اساس میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی محسوب می‌شود. این بررسی در ۱۷ و ۱۸ مهر ۱۴۰۲ در ژنو، سوئیس، برگزار شد. کمیتهٔ حقوق بشر بر رعایت تعهدهای حقوقی کشورهای عضو بر پایه میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی نظارت می‌کند. ایران یکی از کشورهای امضاکننده این میثاق است.

طبق ماده ۱۸ این میثاق، «هر کس حق آزادی فکر و وجدان و مذهب دارد. این حق شامل آزادی ـ داشتن یا قبول یک مذهب یا معتقدات به انتخاب خود، همچنین آزادی ابراز مذهب یا معتقدات خود، خواه به‌طور فردی یا جماعت خواه به‌طور علنی یا در خفا در عبادات و اجرای آداب و اعمال و تعلیمات مذهبی می‌باشد.»

گزارش کمیته حقوق بشر سازمان ملل از حکومت جمهوری اسلامی خواسته شده تا «فوراً افرادی را که به دلیل استفاده از حق آزادی مذهب یا عقیده خود زندانی شده‌اند آزاد کند» و اطمینان حاصل کند که «غرامت کافی» به آنها داده می‌شود.

این کمیته همچنین خواستار پایبندی ایران به میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی شده، و افزوده که «ایرانیان از همه ادیان باید بتوانند «مذهب یا عقیده خود را بدون مجازات نشان دهند.»

در این گزارش آمده که اعضای متعلق به جامعه اقلیت‌های دینی به رسمیت شناخته نشده باید «در برابر آزار و اذیت، تبعیض و هر گونه نقض حقوق بشر دیگر محافظت شوند.»

طبق ماده ۱۳ قانون اساسی جمهوری اسلامی نیز ایرانیان زرتشتی، کلیمی و مسیحی تنها اقلیت‌های دینی شناخته می‌شوند که در حدود قانون در انجام مراسم دینی خود آزادند و در احوال شخصیه و تعلیمات دینی بر طبق آیین خود عمل می‌کنند.

نوکیشان مسیحی، بهاییان، مندائیان و پیروان دین یارسان از جمله میلیون‌ها ایرانی هستند که به عنوان اقلیت‌های دینی شناخته نمی‌شوند و حکومت ایران برای آنها حقوق شهروندی قایل نیست.

این کمیته همچنین از گزارش‌های متعدد در مورد نقض حکومتی حقوق بشر اقلیت‌های دینی و مذهبی از جمله شکنجه، بازداشت خودسرانه و تصرف اموال آنها، به دلیل فعالیت دینی، ابراز نگرانی کرده‌است.

سازمان «ماده ۱۸»، در گزارش سالانه خود در مورد وضعیت مسیحیان ایران، که با همکاری سه سازمان جهانی مسیحی، اواخر۱۴۰۱، منتشر کرد، از تشدید سرکوب مسیحیان به ویژه نوکیشان، به دلیل باور دینی و فعالیت صلح‌آمیزعقیدتی، گزارش داد.

کمیته حقوق بشر سازمان ملل همچنین از جمهوری اسلامی خواسته تا قوانین ۴۹۹ و ۵۰۰ جزای اسلامی را که برای سرکوب بیشتر اقلیت‌ها از جمله نوکیشان مسیحی مورد استفاده قرار گرفته، تغییر داده یا حذف کند.

پیشتر، سازمان ماده ۱۸به همراه  چهار نهاد بین‌المللی مسیحی از جمله سازمان «درهای باز» گزارش مشترکی را به کمیته حقوق بشر ارائه کرده بود که در آن به نقض چندگانه (جند لایه) آزادی دینی مسیحیان و سایر اقلیت‌های دینی و مذهبی در ایران اشاره کرد.

کمیتهٔ حقوق بشر توصیه‌های متعددی به حکومت ایران ارائه کرده، از جمله: اطمینان‌یابی از اجرای قانون‌های داخلی بر اساس میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی؛ انجام تحقیقات کامل، غیرجانب‌دارانه و مستقل دربارهٔ گزارش‌های نقض جدی حقوق بشر؛ تضمین برابری زنان و مردان در قانون و در عمل؛ درنظرگرفتن تعلیق به‌کارگیری مجازات اعدام با هدف الغای آن؛ و رهنمودهای بین‌المللی و تحقیق دربارهٔ تمام ادعاهای مربوط به استفاده بیش از حد از زور؛ و تحقیق دربارهٔ مرگ مهسا (ژینا) امینی. ‏

در جلسات ۱۷ و ۱۸ مهرماه، چانگروک سو، از اعضای کمیته کره جنوبی حاضر در ژنو، خواستار پاسخ جمهوری اسلامی به گزارش‌های گسترده‌ای شده که ادیان رسمی و غیررسمی از جمله بهائیان، مسیحیان، یهودیان، دراویش گنابادی، با نقض حقوق بشرحکومتی، مانند آزار و اذیت، دستگیری خودسرانه، و بازداشت، شکنجه، و مصادره اموال صرفاً برای [اعمال] ایمان خود مواجه شده‌اند.

نمایندگان جمهوری اسلامی که به شدت با انتقادهای مختلف از سوی کارشناسان حقوق بشر روبرو شده بودند؛ ضمن دفاع از «مجازات‌های بدنی» از جمله «شلاق» و «قطع عضو»، هم نقض حقوق اقلیت‌های دینی و مذهبی را انکار کردند و هم اعمال شکنجه را.