«هم انتصاب غلامحسین محسنی اژه‌ای، به عنوان رئیس قوه قضاییه، و هم رئیس جمهور شدن ابراهیم رئیسی، بخشی از سیاست علی خامنه ای، رهبر حکومت است که هم‌اکنون برایش فقط بقای سیستم و سرکوب مهم است. پیام این انتصاب این است که حکومت به جز وفاداری صد در صدی، چیز دیگری را تحمل نمی‌کند و هر آنچه در چارچوب این وفاداری صد در صدی جای نگیرد، مانند فعالان حقوق مدنی و اقلیت‌های دینی با سرکوب روبرو می‌شوند.»

این واکنش دکتر محمود امیری مقدم، مدیر «سازمان حقوق بشر ایران» در نروژ به انتصاب وزیر اطلاعات احمدی‌نژاد در زمان آغاز جنبش سبز است که در لیست ناقضان حقوق بشر اروپا و آمریکا، به دلیل نقش در سرکوب فعالان و معترضان ۸۸ قرار دارد.

امیری مقدم به ماده ۱۸ می‌گوید «سرکوب به دلیل اژه‌ای، و رئیسی بدتر نمی‌شود ولی آنها برای این پست‌ها انتخاب شده‌اند چرا که حکومت گزینه دیگری برای بقایش نمی‌بیند زیرا مردم این سیستم را قبول ندارند و امیدی برای تغییر مثبت از درون حکومت را ندارند.»

قاضی القضات جدید حکومت، پس از مدت کوتاهی پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ وارد فعالیت‌های قضایی و امنیتی شده‌است.

اژه ای متولد ۱۳۳۵، طلبه مدرسه حقانی بود که سمت‌های مهمی چون وزیر اطلاعات در دولت نهم، دادستان دادگاه ویژه روحانیت، دادستان کل کشور و معاون اول قوه قضاییه را برعهده داشته‌است.

 علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز پنجشنبه ۱۰ تیر در حکمی محسنی اژه ای را که به گفته او دارای «سابقه درخشان در امر قضا» است جایگزین ابراهیم رئیسی کرد.

حسین احمدی نیاز، وکیل دادگستری مقیم هلند، که دفاع از زندانیان عقیدتی و افراد متعلق به اقلیت‌های دینی و مذهبی از جمله ناصر نورد گل تپه، نوکیش مسیحی، را برعهده داشته به ماده ۱۸ در مورد انتصاب اژه‌ای، در صدر قوه قضاییه ایران و سابقه «درخشانش» به «ماده ۱۸» می‌گوید «اژه ای تشكيلات فشل قوه قضاييه را به قهقرا خواهد برد. او برای رژيم بهترين گزينه و برای مردم و فعالان مدنی، و جامعه حقوق بشر، بدترين گزينه ممكن برای قوه قضاييه ايران است.»

 وی می‌افزاید «اژه‌ای، نماد شكنجه قضايی، خشونت، بي عدالتی، بي قانونی، جهالت حقوقی، كينه توزی و نوکری حكومت است. او كه در چهل و دو سال جمهوری اسلامی در تمام لایه‌های پایین دستی وبالادستی سیستم‌های امنیتی و قضایی رژيم بوده برای حفظ آن از هيچ كوششی دريغ نورزيده و تمام قانون، عدالت، انصاف، نظام قضايی، حقوق و شرافت را قربانی ماندگاری رژيم كرده است از شكنجه تا نظارت بر شكنجه، از صدور فتوای شرعی ارتداد تا صدور فرمان‌های اخذ اقرار اجباری و شکنجه از متهمين سياسی و امنیتی در قوه قضاییه و وزارت اطلاعات گرفته تا گاز گرفتن از عيسي سحرخيز در جلسه رسمي هيات نظارت بر مطبوعات و … اجرا و نظارت بر همه و همه بخشی از كارنامه سياه او محسوب مي شود. اژه اي موجبات بيشتر رنج مردم ايران از سيستم قوه قضاييه و سیستم‌های امنیتی را به ارمغان خواهد آورد. او تابع بي چون و چرای بيت رهبری است و بيشتر از گذشته قوه قضاييه را در اختیار آنها قرار خواهد داد.»

 نام آقای اژه‌ای، در سال ۱۳۷۷ در ماجرای قتل‌های دگراندیشان مشهور به قتل‌های زنجیره‌ای هم مطرح شد و خبرهایی نقل شد که قربانعلی دری نجف‌آبادی، وزیر سابق اطلاعات، در کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس، گفته که آقای محسنی اژه‌ای فتوای ارتداد و به تعبیری قتل پیروز دوانی، فعال و زندانی سابق سیاسی را ابلاغ کرده‌است.

حکومت ایران فقط چهار نفر را قربانی قتل‌های زنجیره ای دانسته و آنها را به ماموران اطلاعات که خودسرانه عمل کرده‌اند، نسبت می‌دهد وزارت اطلاعات ایران در جریان قتل‌های زنجیره‌ای فقط قتل چهار منتقد حکومت، داریوش و پروانه فروهر، محمدجعفر پوینده و محمد مختاری را پذیرفت

ربودن و کشتن مخالفان حکومت از همان روزهای نخست انقلاب آغاز شده و بسیاری از معترضان و دگراندیشان از جمله کشیشان هایک هوسپیان، طاطاووس میکایلیان و محمد باقر روانبخش، از جمله قربانیان قتل‌های زنجیره ای حکومت بوده‌اند.

پس از اعتراضات سال ۱۳۸۸ آقای محسنی اژه‌ای به عنوان دادستان کل کشور به همراه ابراهيم رئيسی، معاون اول قوه قضاييه و علی خلفی مشاور رئیس قوه قضاییه، به عنوان هیئت ویژه قضایی برای بررسی نامه مهدی کروبی، از رهبران جنبش سبز، دربارهٔ آزار جنسی و تجاوز به برخی معترضان بازداشتی، اعتراضات بعد از انتخابات تعیین شدند. این هیئت گزارش مهدی کروبی را رد کرد.

اتحادیه اروپا نیز در فروردین ۱۳۹۰، ۳۲ مقام جمهوری اسلامی از جمله غلامحسین محسنی اژه‌ای، را به دلیل نقشی که در نقض گسترده حقوق شهروندان ایرانی داشته، مورد تحریم قرار داد. رییس قوه قضاییه مانند ابراهیم رئیسی در لیست تحریم آمریکا هم قرار دارد.

 آمریکا پاییز۱۳۸۹ غلامحسین محسنی اژه‌ای، را به دلیل نقض جدی حقوق بشر و سرکوب سال ۸۸ تحریم کرد.