«خامنه‌ای، یکی از شرورترین افراد تاریخ، کشته شده است.» این پیام دونالد ترامپ در شبکه‌های اجتماعی، مرگ رهبر جمهوری اسلامی را تأیید کرد و موجی از واکنش‌ها را در داخل و خارج ایران برانگیخت. در ساعات بعد، ویدیوهای متعددی منتشر شد که ایرانیان را در حال شادی خیابانی نشان می‌داد. در یکی از این ویدیوها از شهر گله‌دار در شهرستان مُهرِ استان فارس، جوانی در میان جمعیتِ خوشحال فریاد می‌زند: «دارم خواب می‌بینم؟ سلام دنیای جدید!»

هم‌زمان، از صبح شنبه، اسرائیل و آمریکا تهران و چندین شهر دیگر ایران، از جمله کرمانشاه، قم، کرج و تبریز را هدف حمله قرار دادند. سپاه پاسداران نیز اعلام کرده است که اسرائیل را با موشک و پهپاد هدف قرار داده است. ترامپ در پیام خود این عملیات را «نه‌تنها عدالت برای مردم ایران، بلکه برای همهٔ آمریکایی‌ها و نیز مردم کشورهای مختلف جهان» توصیف کرد که به‌گفتهٔ او «توسط خامنه‌ای و گروه اوباش خون‌خوارش کشته یا معلول شده‌اند.»

دورهٔ رهبری علی خامنه‌ای از خرداد ۱۳۶۸ و پس از مرگ روح‌الله خمینی آغاز شد. او راه خمینی را در سرکوب، سانسور و انزوای جهانی ادامه داد و نامش با خون‌ریزی در داخل و پرونده‌های تروریسم در خارج گره خورد. شکنجه و اعدام معترضان سیاسی و مدنی که از زمان خمینی آغاز شده بود در حکومت ۳۷ ساله خامنه‌ای ادامه یافت.

در این سال‌ها جمهوری اسلامی با موج‌های اعتراضی گسترده‌ای روبه‌رو بوده است: کوی دانشگاه در ۱۳۷۸، جنبش سبز ۱۳۸۸، اعتراضات دی ۹۶ و آبان ۹۸ و جنبش «زن، زندگی، آزادی» در سال ۱۴۰۱؛ همه با سرکوب شدید امنیتی پاسخ داده شد. در کشتار دی‌ماه ۱۴۰۴ نیز که به فرمان وی انجام شد، ده‌ها هزار شهروند کشته شدند؛ در میان آنها دست‌کم ۱۹ مسیحی جان خود را از دست دادند.

برای درک موقعیت مسیحیان در دورهٔ خامنه‌ای، نقطهٔ عطفی که بسیاری به آن اشاره می‌کنند سخنرانی او در قم در ۲۷ مهر ۱۳۸۹ است. خامنه‌ای در نخستین روز سفرش به این شهر، در توضیح پیامدهای اعتراضات ۱۳۸۸ گفت آن رخدادها کشور را در برابر «میکروب‌های سیاسی و اجتماعی» واکسینه کرده است. او مدعی شد «دشمنان اسلام» برای تضعیف دین در جامعهٔ ایران به «اشاعهٔ بی‌بندوباری، ترویج عرفان‌های کاذب، ترویج بهائیت و گسترش کلیساهای خانگی» روی آورده‌اند.

پس از این نفرت پراکنی ، نهادهای حقوق بشری از افزایش فشار بر برخی اقلیت‌های دینی، از جمله مسیحیان ــ به‌ویژه نوکیشان ــ خبر دادند. موج بازداشت‌ها، احکام سنگین زندان، فشار برای بازگشت به اسلام و بستن فضاهای جمعیِ مسیحیان، همگی در چارچوب همان نگاه امنیتی تعریف شد که «کلیسای خانگی» را نه پدیده‌ای دینی، که پروژه‌ای «دشمن‌ساخته» می‌دید. مقام‌های جمهوری اسلامی همواره این اقدامات را «اجرای قانون» خوانده‌اند، اما منتقدان و فعالان حقوق بشر آن را نقض آشکار آزادی دین و وجدان می‌دانند.

نام علی خامنه‌ای فقط با سرکوب اقلیت‌های دینی و دگراندیشان در داخل گره نخورده است. در عرصهٔ بین‌المللی، سباستین باسو، دادستان پروندهٔ انفجار مرکز یهودیان آرژانتین (آمیا)، او را در ارتباط با حملهٔ مرگبار سال ۱۹۹۴ متهم کرده و خواستار صدور حکم بازداشت داخلی و بین‌المللی شده بود؛ انفجاری که ۸۵ کشته و صدها زخمی در بوئنوس‌آیرس برجای گذاشت. خامنه‌ای همچنین به‌عنوان یکی از حامیان سرسخت گروه‌هایی چون حماس و حزب‌الله شناخته می‌شد و در سخنرانی‌های مختلف مواضع تند و آشکاری علیه اسرائیل اتخاذ می‌کرد. 

در دوره وی، فساد ساختاری و فقر در ایران به اوج رسید و پول ملی به بی‌ارزش‌ترین حد خود در تاریخ رسید. خامنه‌ای حتی ورود واکسن کرونا از آمریکا و بریتانیا را ممنوع کرد. 

دخالت او در حوزه‌های مختلف زندگی ایرانیان ابعادی گاه عجیب پیدا می‌کرد. در سال ۱۳۹۸، هم‌زمان با انتقادها به حذف «انتگرال» از کتاب‌های ریاضی دبیرستان، علی ذوعلم، رئیس وقت سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی، گفت که هدف از تغییرات اخیر در کتب درسی، «تأمین دیدگاه‌های رهبر» است؛ نمونه‌ای کوچک اما گویا از این‌که چگونه حتی ریاضی دبیرستانی هم باید با قرائت رسمی هماهنگ شود.