علیرضا اعرافی، مدیر حوزه‌های علمیه، در نامه‌ای به پاپ درباره جنگ میان اسرائیل، ایالات متحده و جمهوری اسلامی، ادعا کرده است که علی خامنه‌ای از «حامیان جدی حقوق اقلیت‌های دینی، به‌ویژه مسیحیان» بوده است؛ ادعایی که با بسیاری از شواهد و گزارش‌های چند دهه گذشته درباره وضعیت اقلیت‌های دینی در ایران در تضاد قرار دارد.

براساس نامه‌ای که رسانه‌های داخل ایران اخیراً منتشر کرده‌اند، آیت‌الله اعرافی ــ که پس از کشته شدن رهبر جمهوری اسلامی نامش به‌عنوان یکی از اعضای احتمالی شورای موقت رهبری مطرح شده است ــ در خطاب به پاپ نوشته است: «وظیفه انسانی و دینی ایجاب می‌کند که فریاد مظلومیت یک ملت به گوش جهانیان، به‌ویژه رهبران معنوی که دعوت به صلح و عدالت دارند، برسد.»

او در این نامه علی خامنه‌ای را از «حامیان جدی حقوق اقلیت‌ها، به‌ویژه مسیحیان ایران» معرفی کرده است. این ادعا در حالی مطرح می‌شود که طی ۴۷ سال حکومت جمهوری اسلامی ــ دوره‌ای که در آن خامنه‌ای ۳۷ سال رهبر، هشت سال رئیس‌جمهور و در سال‌های پیش از آن نیز در مقام‌های کلیدی حضور داشته ــ اقلیت‌های دینی به رسمیت شناخته‌نشده، به‌ویژه نوکیشان مسیحی و بهاییان، با سرکوب گسترده مواجه بوده‌اند.

علی خامنه‌ای در سخنرانی ۲۷ مهر ۱۳۸۹ در قم به‌طور تلویحی خواستار مقابله با گسترش کلیساهای خانگی شد؛ سخنانی که پس از آن فشار حکومت بر کلیساهای خانگی و نوکیشان مسیحی به‌طور چشمگیری افزایش یافت.

حکومت نوکیشان مسیحی را صرف‌نظر از گرایش دینی یا وابستگی کلیسایی آنان سرکوب کرده است؛ چه کاتولیک باشند و چه پروتستان. کلیساهای کاتولیک به شدت تحت نظر حکومت بودند.

سازمان جهانی  مسیحی «درهای باز»، سال‌ها جمهوری اسلامی را در فهرست کشورهایی قرار داده است که بیشترین آزار و سرکوب مسیحیان در آن‌ها گزارش شده است. همچنین سازمان ماده ۱۸ بارها گزارش‌ها و شهادت‌های مسیحیانی را منتشر کرده که به دلیل باور مسیحی یا فعالیت‌های مسالمت‌آمیز دینی بازداشت شده و در زندان با شکنجه جسمی و روحی مواجه شده‌اند.

علاوه بر این، سازمان‌های حقوق بشری از جمله عفو بین‌الملل و گزارشگران ویژه سازمان ملل متحد بارها در گزارش‌های خود به نقض گسترده حقوق اقلیت‌های دینی در ایران اشاره کرده‌اند.

در دوران رهبری خامنه‌ای، قوانین جمهوری اسلامی نیز به ابزارهای مؤثرتری برای سرکوب اقلیت‌های دینی تبدیل شدند. موادی مانند ۴۹۹ و ۵۰۰ قانون مجازات اسلامی بارها برای تعقیب قضایی فعالان دینی و به‌ویژه نوکیشان مسیحی مورد استفاده قرار گرفته‌اند.

اعرافی همچنین در نامه خود به پاپ به حمله به یک مدرسه در میناب اشاره کرده و نوشته است که حمله موشکی به یک دبستان دخترانه در این شهر دست‌کم ۱۷۰ کشته برجای گذاشته و این مدرسه دو بار هدف قرار گرفته است. ایران ایالات متحده و اسرائیل را مسئول این حمله دانسته، در حالی که واشینگتن اعلام کرده است گزارش‌ها را در دست بررسی دارد و هدف قرار دادن غیرنظامیان را رد کرده است.

 گزارش‌ها نشان می‌دهد این مدرسه در ساختمانی واقع در مجموعه سپاه تأسیس شده بود.
اعرافی در نامه خود نوشته است: «امروز دفاع از کودکان میناب، همانند کودکان غزه، مسئولیتی اخلاقی، دینی و انسانی برای همه ما است تا از تکرار چنین فجایعی علیه کودکان جلوگیری کنیم.»

این در حالی است که نیروهای امنیتی  جمهوری اسلامی، صدها دانش‌آموز و کودک را  در اعتراضات سراسری کشته و زندانی کرده است. حکومت اسلامی سابقه اعدام نوجوانان را به دلیل فعالیت سیاسی دارد.

آیت‌الله اعرافی، که اکنون نامه‌ای خطاب به پاپ نوشته، پیش‌تر نیز درباره گسترش کلیساهای خانگی هشدار داده بود. حوزه‌های علمیه، که یکی از مراکز اصلی تولید و ترویج ایدئولوژی رسمی جمهوری اسلامی به شمار می‌روند، بارها سمینارهایی برای مقابله با آنچه «مسیحیت تبشیری» خوانده می‌شود برگزار کرده‌اند.
بودجه  حوزه‌های علمیه و نهادهایش به حدود ۳۲ هزار میلیارد تومان رسیده است؛ رقمی که بیش از سه برابر بودجه محیط زیست کشور است.