محسن حاجی میرزایی، وزیر آموزش و پرورش ایران روز چهارشنبه ۲۰ شهریور ۹۸، در حاشیه جلسه هیئت وزیران گفته است: «اگر دانش آموزان اظهار کنند که پیروان ادیان دیگری به جز ادیان رسمی کشور هستند و این اقدام آن‌ها به نوعی تبلیغ محسوب شود، تحصیل آن‌ها در مدارس ممنوع است.»

این وزیر همچنین در توییتی نوشته «آموزش رایگان و با کیفیت حق همه کودکان است. نباید کسی به سبب داشتن عقیده‌ای از حق تحصیل در مدرسه محروم شود. نباید کسی در مدرسه اجازه تفتیش عقاید داشته باشد. نباید فرقه‌های غیرقانونی در مدرسه تبلیغ شوند. مدرسه جای تربیت حق‌مدارانه و آموزش قانون‌گرایانه است.»

استفاده از واژه «فرقه» ،اشاره واضحی به آیین های غیررسمی مانند آیین بهائی و مسیحیت انجیلی است که مقامات ایرانی از جمله رهبر جمهوری اسلامی، از این ادیان به عنوان «فرقه» یاد می کنند.

منصور برجی، مدیر سازمان ماده ۱۸، خاطرنشان می کند: «اظهارات وزیر به این معنی است که یک نوکیش مسیحی یا یکی از اعضای بهائیت باید در مورد ایمان خود دروغ بگوید تا از حق قانون اساسی خود برای تحصیل بهره مند شود.»

اگرچه مسیحیت در کنار یهودیت و زرتشت در ایران به عنوان یک اقلیت رسمیت شناخته شده است، فقط مسیحیان از اقلیت های قومی ارمنی و آشوری مجاز به برگزاری آیین خود و داشتن محل عبادت هستند. مسیحیان مسلمان زاده، باوجود اینکه تعدادشان بیش از نیم میلیون نفر باشد، در ایران به رسمیت شناخته نمی شوند.

ایران هم اعلامیه جهانی حقوق بشر و هم میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی را تصویب کرده،  که طبق ماده ۱۸ هر دو آنها، هر انسانی محق به داشتن آزادی اندیشه، وجدان و دین است؛ این حق شامل آزادی عقیده، تغییر مذهب [دین]، و آزادی علنی [و آشکار] کردن آئین و ابراز عقیده، چه به صورت تنها، چه به صورت جمعی یا به اتفاق دیگران.

با این وجود، این آزادی ها در ایران بشدت محدود شده است، همان‌طور که در آخرین گزارش گزارشگر ویژه سازمان ملل در امور حقوق بشر در ایران آقای جاوید رحمان، بر آن تأکید شد.

آقای رحمان می گوید: «هیچ قانونی در جمهوری اسلامی ایران وجود ندارد که به افراد اجازه تغییر دین، از اسلام به حتی یکی از ادیان به رسمیت شناخته شده دهد. وی گفت: “این امر نوکیشان مسیحی از زمینه اسلام را در معرض آزار و اذیت قرار می دهد. ارتداد به عنوان جرم در قانون مجازات اسلامی وضع نشده است، اما تغییر دین از اسلام مجازات اعدام دارد. این امر نوکیشان مسیحی از زمینه اسلام را در معرض اذیت و آزار قرار می دهد.»

احکام اعدام برای ارتداد نادر است، گرچه هنوز هم وجود دارد، مانند مورد یوسف ندارخانی که حکم اعدام وی بعداً لغو شد، اما سال گذشته وی به زندان منتقل شد و به اتهام «تشکیل کلیسای خانگی» و «ترویج مسیحیت صیهونیستی» محکومیت ده ساله خود را آغاز کرد.

آقای ندرخانی رهبر یک کلیسای خانگی موسوم به «کلیسای ایران» در رشت بوده که تعدادی از اعضای آن به دلیل باور مسیحی زندانی شده اند.

 یوسف ندرخانی پیش از این به وضعیت تحصیلی پسرش که به دلیل امتناع از شرکت در آزمون آموزش دینی اسلامی از ادامه تحصیلش جلوگیری شد، اعتراض کرده بود.

مقامات اصرار داشتند كه دانیال برخلاف خواسته خود و والدینش علاوه بر حضور در كلاس های قرآن، در آزمون آن نیز شركت كند.

 این مغایر با ماده ۱۸ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی است که به والدین حق می دهد تعالیم دینی خود را به فرزندان خود منتقل کنند و از دخالت مقامات جلوگیری می کند.

اخیراً دولت ایران تدریس در مهدکودک ها را برای اعضای اقلیت های مذهبی ممنوع کرد، مگر در مهدکودک هایی که خاص متعلق به کودکان اقلیت های مذهبی باشد.

این اقدام با انتقادات بسیاری روبرو شد، از جمله نماینده زرتشتیان در مجلس، که ابراز داشت این امر خلاف قانون اساسی است.

در پاسخ به انتقادات، یک مقام ایرانی تشریح کرد که اعضای اقلیت های مذهبی مجاز به تدریس در برخی کلاس ها مانند موسیقی یا ژیمناستیک خواهند بود اما آنها نمی توانند معلم کلاس باشند.

 در حال حاضربه دلیل شرایط ویژه ای که برای معلم شدن در ایران وجود دارد که شامل اعتقاد به اسلام است، برای اقلیت های دینی عملاً تدریس در مقاطع بالاتر غیرممکن است.

 همچنین، در سال های اخیر بسیاری از مدیران مدارس که جزو اقلیت های دینی محسوب میشدند توسط مدیران مسلمانی که توسط نظام منصوب شده اند، جایگزین شده اند.