طاطاوس میکائلیان، کشیش، مترجم و رئیس شورای کشیشان پروتستان ایران که هشتم تیرماه ۱۳۷۳ در تهران ربوده شد و به قتل رسید، به شدت با اسلامی کردن مدارس ارمنی‌ها، مخالف بود. این رهبر مسیحی به شدت از تغییر کتاب‌های دینی ارمنی‌ها توسط غیرمسیحیان و تحمیل شعار «الله اکبر» در مراسم صبحگاهی به دانش آموزان ارمنی انتقاد کرده بود.
کشیش میکائلیان که مدیر یک مدرسه ارمنی نیز بوده، نامه ای به شدت اتتقادی در فروردین ماه ۱۳۷۲ در مورد تغییر کتاب‌های مسیحی بدون مشورت با مقامات مسیحی ارمنی، خطاب به مقامات حکومتی از جمله وزارت ارشاد و آموزش و پرورش، می‌نویسد.
این تحصیلکرده رشته‌های حقوق و الهیات، در این نامه می‌نویسد که «مقامات تازه‌کار و غیر مطلع آموزش و پرورش»، واکنش‌ها و «عکس العمل‌ها» ی دانش آموزان به این موضوع را، «حمل بر تحریکات سیاسی» دانسته، «پاسداران» را به مدارس می‌فرستند و حتی بعضی مداراس را تعطیل می‌کنند.
اسلامی کردن مدارس ارمنی‌ها فقط به تغییر کتب مذهبی ختم نمی‌شد و دانش اموزان را مجبور می‌کردند در مراسم صبحگاهی شعارهای اسلامی سر داده و تکبیر بگویند.
دانش آموزان ارمنی تسلیم این دستور توسط رئیس تعیین شده توسط حکومت نشده، و از ورود به کلاس منع شدند. حکومت، پس از پیروزی انقلاب اسلامی پس از مدت کوتاهی با تعیین مدیان و مقانات، مدارس متعلق به اقلیت‌های دینی را به کنترل خود دراورد.
در نامه دیگری از انجمن اولیا و مربیان مدرسه گوهر که آقای میکایلیان در آنجا معلم بود، ضمن تأکید در مورد تذکرات آقای میکایلیان، خطاب به شورای خلیفه گری ارامنه آمده «رئیس مدرسه آقای راستی اقداماتی را انجام می دهدکه احساسات مذهبی ما را متأثر می‌نماید و فرزندان ما را وادار می‌نمایند شعارهایی را که ماهیت آنها بهیچوجه نمی‌تواند مناسب فرزندان مسیحی باشند تکرار کنند مخصوصاً شعار الله اکبر که ماهیت کاملاً اسلامی دارد.»
میکائیلیان منتقد بی‌پروای جمهوری اسلامی برای نقض حقوق مسیحیان بود. وی در مراسم خاکسپاری اسقف هایک هوسپیان، جمهوری اسلامی را مسئول قتل وی دانست.
نامه اعتراضی میکائلیان به مقامات حکومت
یک ماه قبل از قتلش، میکائیلیان ۶۲ ساله در کنفرانسی در قبرس گفت: «با مسیحیان در ایران مانند شهروندان درجه دوم رفتار می‌شود.»
وی افزود که آنها «نجس» به‌شمار می‌آورند و «حتی غیر مستقیم تشویق می‌شوند به اسلام بگروند. آنها اجازه ساخت کلیساها یا انتشار کتاب مقدس را ندارند و رهبران آنها به قتل می‌رسند.»
او همچنین «دیکتاتوری مذهبی» ایران را با قرون وسطی مقایسه کرد. نام کشیش میکائیلیان در میان قربانیان قتلهای حکومتی موسوم به «قتلهای زنجیره ای» ذکر شده‌است که به گفتهٔ برخی از منابع، با فتوای برخی از روحانیون بلندپایه و به دست پرسنل وزارت اطلاعات در دهه هفتاد شمسی انجام شد.
حکومت ایران، یکی از سازمان‌های مخالف جمهوری اسلامی را متهم به ارتکاب قتل آقای میکائلیان کرد. اما برای جامعه مسیحی ایران جای هیچ تردیدی نبود که کشیش میکائیلیان به دلیل فعالیت‌های دینی و انتقاد از جمهوری اسلامی کشته شده‌است. قتل میکائیلیان، پنج روز پس از قتل مهدی دیباج، دیگر کشیش مسیحی، و پنج ماه پس از کشتن کشیش هایک هوسپیان، رهبر شورای کشیشان پروتستان اتفاق افتاد.
حکومت اسلامی تاکنون دستکم هشت رهبر و شخصیت مسیحی را به قتل رساند، و هزاران مسیحی، به ویژه نوکیشان را به دلیل باور مسیحی و فعالیت صلح آمیز دینی راهی زندان و تبعید کرده‌است. حکومت کلیساهای فارسی‌زبان را تعطیل، و اموال و ساختمان‌های متعلیق به کلیساهای ایران از جمله بیمارستان‌های متعلق به کلیسای اسقفی در اصفهان وشیراز را مصادره کرده‌است.
اعتراض انجمن اولیا و مربیان مدرسه گوهر به تحمیل شعارهای مذهبی
